La historia de las artes marciales japonesas en Bolivia se remonta a hace más de cien años, cuando, en la década de 1920, llegó al país el primer instructor japonés de Judo. En el caso del Aikido, su práctica en Bolivia se inició después de la Segunda Guerra Mundial, principalmente en las colonias japonesas establecidas en el país. Para la década de 1960 existen, sin embargo, evidencias de la presencia de practicantes bolivianos fuera de estos círculos. Progresivamente se fueron formando grupos informales de práctica y, entre finales de la década de 1980 y la década de 1990, surgieron las primeras escuelas dedicadas específicamente a la enseñanza del Aikido.

Gracias al trabajo de estos precursores y pioneros nacionales, así como a la colaboración de practicantes extranjeros que residieron temporalmente en Bolivia, durante los primeros años del siglo XXI se consolidaron varias escuelas formales de Aikido. Algunas de ellas contaron con supervisión técnica de maestros internacionales y con reconocimiento indirecto de Aikikai Hombu Dojo.

Entre los maestros internacionales que visitaron Bolivia durante este período se encontraba Fritz Heuscher, de Suiza. Durante sus visitas a Cochabamba, Heuscher sensei conoció el desarrollo local del Aikido y consideró conveniente promover una organización que reuniera a las distintas escuelas y practicantes del país, con el objetivo de favorecer una coordinación nacional y una orientación técnica común. Para ello, manifestó su disposición a colaborar con la creación y desarrollo de una asociación nacional.

A partir de esta iniciativa, varias de las escuelas existentes —inicialmente en Cochabamba y posteriormente también en La Paz— comenzaron a trabajar de manera conjunta y decidieron organizarse formalmente. Este proceso culminó con la fundación de la Federación de Aikido Aikikai Bolivia en 2010, bajo la dirección técnica de Fritz Heuscher shihan, quien ya visitaba Bolivia regularmente, manteniendo una relación de supervisión y colaboración técnica con la Federación.

En 2020, la Federación de Aikido Aikikai Bolivia obtuvo el reconocimiento directo de Aikikai Hombu Dojo, sede mundial de la organización Aikikai, constituyendo un nuevo hito en el desarrollo institucional del Aikido en Bolivia.

Actualmente, la Federación de Aikido Aikikai Bolivia cuenta con reconocimiento internacional y reúne a numerosas escuelas y practicantes de Aikido del país. Asimismo, cuenta con instructores de hasta 5.º Dan, y se encuentra habilitada para administrar directamente exámenes de grado dan reconocidos por Aikikai Hombu Dojo. Constituye la principal organización nacional dedicada a la práctica y enseñanza del Aikido.